La prima menzione del territorio di S. Cesario è i un documento del 752 in cui il re longobardo Astolfo concesse ai monaci dell’Abbazia benedettina il diritto di passaggio attraverso la Selva di Vilzacara, situata a sud dei loro possedimenti. Nell’anno 825, quando i Franchi subentrarono ai Longobardi, tutta la selva venne donata all’Abbazia di Nonantola dall’imperatore Lotario; in questo caso, però si parla di Corte di Vilzacara. L'8 luglio 885, papa Adriano III, in viaggio per raggiungere la dieta di Worms dove doveva incontrare l’imperatore Carlo il Grosso, muore proprio mentre attraversava la Selva di Vilzacara. Il corpo venne dapprima portato presso la canonica della chiesa dedicata a S.ta Alberga (attuale oratorio di S. Bernardino, XVIII secolo), infine traslato nella chiesa di S. Silvestro di Nonantola dove tutt’ora è sepolto e venerato. Ci sono due versioni del fatto: gli abitanti di San Cesario affermano che il papa sia morto a S.ta Alberga, mentre quelli di Spilamberto assicurano che il papa morì nella selva, quindi nel loro territorio.
La Corte viene citata ancora nel 945, quando il marchese Berengario la donò al vassallo Riprando e ancora nel 1034, quando la stessa corte entrò a far parte dei beni dell'abbazia di Nonantola.
La Basilica di S. Cesario fu costruita nel X secolo sui resti di un preesistente luogo di culto di cui vennero riutilizzati alcuni materiali, e fu dedicata al martire Cesario del quale si conserva una preziosa reliquia. L'edificio; restaurato in anni recenti, si presenta in pianta basilicale ripartita su tre navate.