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La Chiesa di San Giovanni Battista, nota anche con il nome di "Rotonda", risale al VI-VII secolo, ed è l'edificio religioso più antico e ricco di storia, da cui prese il nome la città.
La leggenda dice che la chiesa sia sorta sulle rovine di un antichissimo tempio dedicato al dio Giano, non esistono ad oggi motivazioni storiche che sostengano questa ipotesi. La chiesa era tappa obbligatoria dei longobardi perché sita lungo il percorso della Via Sacra Longobardorum, che conduceva alla grotta di San Michele. Si pensa, inoltre, sia stata per un lungo periodo un Battistero, dato il ritrovamento di un fonte battesimale.
La chiesa è situata nella zona est della città, in prossimità della chiesa di sant'Onofrio. Oggi la chiesa è sconsacrata.
Nell’ambito dei lavori di restauro ancora in corso, finanziati dal Programma Operativo Interregionale (POIN) della Regione Puglia, è stata riportata alla luce una struttura interrata, posta al centro del Battistero.
Si tratterebbe di una vasca battesimale di epoca paleocristiana, di forma circolare, localizzata nei pressi dell’altare, parzialmente distrutta dall’impianto di una successiva sepoltura. Questi resti erano in realtà già emersi, sebbene in misura molto più ridotta, nel corso di una campagna di restauri effettuata sul finire degli anni ’90; la pubblicazione che scaturì dal ritrovamento, curata dall’Università di Parigi-Nanterre e dalla locale sede di Archeoclub d’Italia, nonostante la grande divulgazione e il grande interesse suscitato anche a livello internazionale, non riuscì ad impedire la successiva discutibile obliterazione delle vestigia.
La scoperta effettuata, da diversi anni auspicata negli ambienti scientifici, è di grande rilievo (le vasche battesimali risalenti ai primi secoli del Cristianesimo archeologicamente note in Italia meridionale sono pochissime: quattro in tutta la Puglia) e contribuisce a chiarire definitivamente le origini cristiane del monumento, da leggersi anche in rapporto allo sviluppo dei pellegrinaggi verso il santuario micaelico.
I lavori sono stati coordinati dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Puglia e condotti da specialisti archeologi di Foggia.
L’approfondimento degli studi sul battistero di San Giovanni Rotondo nel suo complesso, riguardanti la rilettura del contesto di San Giovanni e Sant’Onofrio alla luce dei nuovi ritrovamenti, le fasi costruttive della Rotonda, gli affreschi, rientra nel Protocollo di Intesa di recente siglato tra la nostra Amministrazione e il Dipartimento di Studi Umanistici dell’Università di Foggia: tutti i dati riguardanti il complesso monumentale confluiranno nel CARE (Corpus Architecturae Religiosae Europeae), un prestigioso ed innovativo progetto internazionale di censimento, documentazione e interpretazione delle strutture religiose paleocristiane e altomedievali, i cui dati saranno disponibili in futuro su una piattaforma on-line open access.
Alla luce di queste premesse, è intenzione dell’Amministrazione Comunale di procedere all’ulteriore valorizzazione di tutto il contesto monumentale di Sant’Onofrio, anche in prospettiva di una più incis iva promozione territoriale e turistica.
