Tra i pellegrini illustri che visitarono il santuario di Monte Sant’Angelo nei primi secoli la tradizione annovera un lunghissimo elenco di re, papi, imperatori, santi e perfino personaggi fantastici come Orlando, il leggendario paladino di Carlo Magno. Non si sa con certezza se il re longobardo Rotari sia mai giunto a Monte Sant’Angelo, tuttavia gli viene attribuito un testamento, nel quale avrebbe espresso il desiderio di esservi sepolto, cosicché si è voluto riconoscere il suo mausoleo in questa singolare costruzione, tanto che ancor oggi si continua a chiamarla Tomba di Rotari. In realtà risulta più attendibile che Rotari, essendo morto a Pavia fosse seppellito in quella città.
L’ipotesi più attendibile è che il battistero di San Giovanni, conosciuto come Tomba di Rotari, fu fondato nei primi anni del XII secolo da un certo Pagano, originario di Parma ma residente a Monte Sant’Angelo, e da un Rodelgrimo, nativo del Gargano, entrambi rintracciati in un documento del 1109 che li identifica come cognati.
e continue oscillazioni della critica sulla destinazione d’uso del San Giovanni coinvolgono un aspetto assai complesso che riguarda la tipologia del battisteri e dei mausolei e le innegabili interrelazioni simboliche tra vita/rinascita e morte. Tipologicamente tra battisteri e mausolei sono sempre esistiti stretti legami, tanto dal punto vista strutturale quanto da quello simbolico.
Sulla sua funzione originaria sono state avanzate diverse ipotesi, ma la più accreditata è certamente quella che si tratti di un’aula battesimale, non di un campanile né di un mausoleo. A far propendere verso l’ipotesi del battistero contribuiscono diversi elementi. L’edificio, oltre a risultare dedicato a San Giovanni Battista da tempo immemorabile, possiede infatti caratteristiche architettoniche che lo accomunano alle cappelle battesimali dei secoli XI e XII, appartenenti quindi alla stessa epoca di costruzione.
L’alta mole a forma di torre, terminante in un tamburo ottagonale su cui poggia una cupola emisferica, è costituita da un unico Ambiente con abside rivolta a oriente e vasca per il rito d’immersione scavata nel pavimento. A metà altezza corre una galleria, sopra la quale si aprono due ordini di finestre. La sua vicinanza, infine, all’antica parrocchia di san Pietro corrisponde alle modalità richieste per quanto riguarda la posizione che dovevano occupare i battisteri rispetto alle chiese.
L’interno si presenta quadrilatero nella zona più bassa; sono presenti dei pilastri angolari con capitelli scolpiti, in cui sono rappresentati “ Il sacrificio di Isacco", “L’entrata di Gesù a Gerusalemme", "Santa Caterina d’Alessandria", "L’annuncio della Natività ai pastori". Sull’intonaco dei muri affiorano sbiaditi resti di affreschi.
Nella parete meridionale si apre una porta comunicante con l’attigua chiesa di Santa Maria Maggiore.
Nel pavimento si notano due cavità circolari; quell a più piccola, munita di tre gradini, è la vera vasca battesimale, mentre la più grande è quella che fu scavata nel 1666 per fondervi la colossale campana del campanile di San Michele.
Un programma iconografico assai ricco ed articolato si dispiega sul portale, sui capitelli, sulle cornici, coinvolgendo angeli, scene dell’ Antico e del Nuovo Testamento, nonché misteriosi personaggi con ruolo e presenza “esemplari”, e tuttavia non sempre esplici ti, probabile allegoria dei Vizi e delle Virtù.