La città di Copertino è legata alla figura di San Giuseppe, umile frate della famiglia francescana dei Frati Minori Conventuali, che visse nel XVII secolo. Per le sue numerose estasi, è conosciuto in tutto il mondo come il Santo dei voli, perciò protettore dagli aviatori ma anche degli studenti per le numerose difficoltà incontrate nello studio, che superò tuttavia con esemplare e totale fiducia nell'aiuto della Santissima Vergine. Copertino, sua città natale, conserva le testimonianze più vive del suo faticoso cammino verso la santità.
La costruzione di questo santuario fu pensata nel 1753 anno della beatificazione del Santo. L’edificio è a pianta centrale e coperto a volta. Nel 1872 fu ingrandito con la realizzazione dell’attuale vano absidale contenente tre altari. Il suo interno è sobrio, elaborato da eleganti stucchi, contrapposto ad una facciata concava, di media elevatura, ma sinuosa per i grandi moduli e le volute in carparo. Nel 1930, dopo la lunga assenza a causa delle soppressioni napoleoniche e dell’Unità d’Italia, i Frati Minori Conventuali fecero ritorno a Copertino, e ad essi fu affidata la cura del Santuario. Accanto alla chiesa i confratelli del santo costruirono il nuovo convento ed il seminario serafico. All’interno del Santuario vi sono numerose reliquie del Santo, tra cui il cuore, giunto a Copertino da Osimo il 7 aprile 1953 e custodito nella Stalletta, luogo in cui egli nacque il 17 giugno del 1603. Si tratta di una struttura con tetto a capanna fatto di paglia, canne e tegole, i muri scrostati, un camino e due stipetti a muro: un misero arredo seicentesco custodito intatto per secoli. In questa stalla si rifugiò mamma Franceschina per dare alla luce Giuseppe Maria, il futuro Santo dei voli.
Di fronte all’attuale Santuario, rimane come testimonianza storica, la casa paterna del Santo, che fu trasformata in Cappella dopo la sua beatificazione. Sulla parete sinistra c’è una tela che rappresenta Mamma Franceschina in agonia (1645), assistita dalla figlia Livia e dai frati, mentre in alto il figlio Giuseppe, allora al Sacro Convento in Assisi, le appare sorridente.