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Un tempo circondata da una vasta zona boschiva, la cripta, sita nei pressi della "via dei Messapi" o "via vecchia di Manduria", scavata in un banco calcarenitico, fu custodita successivamente dai Frati Minori, del vicino convento. La cripta, dedicata a S. Maria di Veglie, è riconducibile al sec. IX ed i cicli pittorici, dei secoli successivi, sono un notevole esempio di pittura bizantina. La cripta è di forma rettangolare, misura m. 5,50 di lunghezza x m. 3,30 di larghezza ed ha un'altezza di m. 2,20 con soffitto piano, un tempo completamente ricoperto di affreschi.
I cicli parietali, anche se rovinati dalle infiltrazioni di acqua, sono ancora visibili; su un fondo rosso, raffigurano Dio Padre, simbolo della Trinità, seduto su una panca con veste e manto bianchi, con bordi ricamati. Dio Padre è affiancato dai quattro Evangelisti; la Vergine col Bambino, S. Stefano, S. Antonio da Padova, S. Michele Arcangelo, la Trinità, S. Francesco, S. Antonio Abate, S. Andrea, Cristo tra i SS. Pietro e Paolo, la Vergine allattante. I Santi raffigurati appartengono ai culti greco e latino ed esprimono l'intreccio culturale che ha contraddistinto molti insediamenti rupestri del Salento. Al suo interno è custodita la prima immagine vegliese di San Giovanni, protettore della città.
L'appellativo "Favana" è legato al favismo, malattia molto diffusa in passato per la presenza in loco di vaste aree coltivate a fave. Nella chiesa del convento, in epoca precedente al sec. XVI, i fedeli accorrevano numerosi per chiedere grazie contro "il male della fava".
