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Fu costruito nel IV secolo per volere di Papa Marcello I, da cui sia la chiesa che il borgo presero nome. Marcellanium, poi, fu distrutta nel VI secolo probabilmente durante la guerra greco-gotica. Solo nel XII secolo fu costruita la chiesa intitolata a San Giovanni Battista.
A pianta quadrata, è formato da un portico a sud. L'interno è diviso in tre parti: nella prima parte vi è la sorgente con un invaso pieno d'acqua; nella seconda parte vi è la vasca battesimale fiancheggiata da due ambulacri; la terza parte è formata dall'abside.
Nell'interno, cospicui resti romani - reimpiegati da una vicina villa d'età imperiale - emergono nei basamenti dell'abside e del nartece sul lato orientale; tracce di affreschi del X-XI secolo nella controfacciata (probabilmente "Giudizio Universale"), mentre i volti dei 4 evangelisti (visibili nei pennacchi della cupola costantiniana e databili al VI-VII sec.) sono stati trasportati nella non lontana Certosa di San Lorenzo.
